El fitxer de dades amb informació de l’estat WGD (Bielski) conté 402 casos de la cohort de HNSC.
Tenim 546 fitxers de recomptes de la cohort de HNSC.
L’anàlisi inclourà 389 mostres, 253 mostres sense WGD i 136 mostres amb WGD. Un 35% de les mostres de l’anàlisi han patit WGD.
La mida de les llibreries varia entre 3.082429810^{7} i 1.442006410^{8} i la mida mitjana és de 8.152523210^{7}.
Per a la filtració s’ha utilitzat un llindar de CPM de 0.13 i s’han filtrat 39311 gens, és a dir un 65% dels gens que teníem inicialment.
El rang de valors dels factors de normalització és de 0.4725692, 1.4048991.
Matriu de distàncies dels logCPM dels gens més variables. En aquest cas extraiem els 500 gens més variables a partir de les dades filtrades i normalitzades.
Contrastos amb p-valor ajustat (FDR) inferior a 0.05:
## WGDvsNoWGD
## Down 1224
## NotSig 18622
## Up 1326
Contrastos amb p-valor sense ajustar inferior a 0.05 i valor absolut de log2-fold-change superior a 0.5 , aproximadament equivalent a un fold-change de 0.7 i 1.4:
## WGDvsNoWGD
## Down 590
## NotSig 19846
## Up 736
## ensembl_gene_id hgnc_symbol logFC P.Value adj.P.Val
## 13256 ENSG00000183323 CCDC125 -0.5253811 5.029641e-12 1.064876e-07
## 10241 ENSG00000164638 SLC29A4 1.0136056 8.149398e-10 4.014715e-06
## 15394 ENSG00000206195 DUXAP8 1.3450020 5.882319e-10 4.014715e-06
## 16739 ENSG00000229417 NPM1P25 -0.8393145 9.481189e-10 4.014715e-06
## 18288 ENSG00000249550 LINC01234 2.1188210 9.055910e-10 4.014715e-06
## 13150 ENSG00000182636 NDN 0.9416446 2.028125e-09 6.134208e-06
## 18881 ENSG00000257636 G2E3-AS1 2.0234143 1.857981e-09 6.134208e-06
## 13075 ENSG00000182179 UBA7 -0.6890709 2.751290e-09 7.019360e-06
## 16506 ENSG00000227191 TRGC2 -1.2155436 2.983858e-09 7.019360e-06
## 12314 ENSG00000176083 ZNF683 -1.3915893 3.419972e-09 7.240764e-06
## 3904 ENSG00000113597 TRAPPC13 -0.2916360 3.970384e-09 7.641906e-06
## 17006 ENSG00000232000 CLCN3P1 1.2911788 1.323587e-08 2.335248e-05
## 16876 ENSG00000230750 SDAD1P2 1.4621845 1.576795e-08 2.567993e-05
## 3825 ENSG00000112852 PCDHB2 1.2165100 1.706045e-08 2.580027e-05
## 8882 ENSG00000155085 AK9 -0.4717707 1.861236e-08 2.627073e-05
## 12439 ENSG00000177042 TMEM80 -0.4176287 1.987233e-08 2.629606e-05
## 1796 ENSG00000090932 DLL3 1.1212881 2.424780e-08 3.019849e-05
## 8152 ENSG00000147475 ERLIN2 0.4173215 2.997166e-08 3.525333e-05
## 1918 ENSG00000095585 BLNK -0.8154303 3.667080e-08 3.881971e-05
## 6615 ENSG00000136240 KDELR2 0.2979654 3.565173e-08 3.881971e-05
100 gens amb p-valor ajustat més baix:
100 gens amb p-valor ajustat més baix després d’haver filtrat per aquells gens amb un logFC en valor absolut superior a 0.5 (aproximadament equivalent a FC superior a 1.4 o inferior a 0.7):
| NAME | FDR.q.val | NES |
|---|---|---|
| GO_SYNAPTIC_VESICLE_CLUSTERING | 0.0019280 | 2.284519 |
| GO_EMBRYONIC_APPENDAGE_MORPHOGENESIS | 0.0009640 | 2.274901 |
| GO_PROXIMAL_DISTAL_PATTERN_FORMATION | 0.0006427 | 2.266749 |
| GO_SYNAPSE_ASSEMBLY | 0.0004820 | 2.262759 |
| GO_EMBRYONIC_FORELIMB_MORPHOGENESIS | 0.0003856 | 2.260237 |
| GO_EMBRYONIC_SKELETAL_SYSTEM_DEVELOPMENT | 0.0004779 | 2.253319 |
| GO_FORELIMB_MORPHOGENESIS | 0.0004096 | 2.240518 |
| GO_EMBRYONIC_SKELETAL_SYSTEM_MORPHOGENESIS | 0.0008265 | 2.212378 |
| GO_APPENDAGE_MORPHOGENESIS | 0.0020952 | 2.177325 |
| GO_APPENDAGE_DEVELOPMENT | 0.0021668 | 2.165694 |
| GO_DORSAL_VENTRAL_PATTERN_FORMATION | 0.0021430 | 2.158791 |
| GO_REGIONALIZATION | 0.0047989 | 2.101821 |
| GO_CARTILAGE_MORPHOGENESIS | 0.0054514 | 2.088570 |
| GO_ANTERIOR_POSTERIOR_PATTERN_SPECIFICATION | 0.0062848 | 2.078621 |
| GO_PATTERN_SPECIFICATION_PROCESS | 0.0059286 | 2.077794 |
| GO_ROOF_OF_MOUTH_DEVELOPMENT | 0.0093350 | 2.045646 |
| GO_REGULATION_OF_SYNAPSE_ASSEMBLY | 0.0095096 | 2.042018 |
| GO_POSTSYNAPSE_ASSEMBLY | 0.0129729 | 2.016251 |
| GO_TRANSMISSION_OF_NERVE_IMPULSE | 0.0165738 | 1.988379 |
| GO_CARTILAGE_DEVELOPMENT | 0.0159334 | 1.987281 |
| NAME | FDR.q.val | NES |
|---|---|---|
| GO_LYMPHOCYTE_MEDIATED_IMMUNITY | 0 | -3.251124 |
| GO_ANTIGEN_RECEPTOR_MEDIATED_SIGNALING_PATHWAY | 0 | -3.197432 |
| GO_B_CELL_MEDIATED_IMMUNITY | 0 | -3.158687 |
| GO_HUMORAL_IMMUNE_RESPONSE_MEDIATED_BY_CIRCULATING_IMMUNOGLOBULIN | 0 | -3.140970 |
| GO_ADAPTIVE_IMMUNE_RESPONSE_BASED_ON_SOMATIC_RECOMBINATION_OF_IMMUNE_RECEPTORS_BUILT_FROM_IMMUNOGLOBULIN_SUPERFAMILY_DOMAINS | 0 | -3.117887 |
| GO_IMMUNE_RESPONSE_REGULATING_CELL_SURFACE_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY | 0 | -3.117341 |
| GO_T_CELL_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY | 0 | -3.089577 |
| GO_COMPLEMENT_ACTIVATION | 0 | -3.086801 |
| GO_REGULATION_OF_HUMORAL_IMMUNE_RESPONSE | 0 | -3.028322 |
| GO_REGULATION_OF_IMMUNE_EFFECTOR_PROCESS | 0 | -3.023693 |
| GO_INTERFERON_GAMMA_MEDIATED_SIGNALING_PATHWAY | 0 | -2.959079 |
| GO_B_CELL_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY | 0 | -2.952478 |
| GO_RESPONSE_TO_INTERFERON_GAMMA | 0 | -2.902144 |
| GO_NATURAL_KILLER_CELL_MEDIATED_IMMUNITY | 0 | -2.899062 |
| GO_PRODUCTION_OF_MOLECULAR_MEDIATOR_OF_IMMUNE_RESPONSE | 0 | -2.891509 |
| GO_REGULATION_OF_LYMPHOCYTE_ACTIVATION | 0 | -2.871734 |
| GO_ALPHA_BETA_T_CELL_ACTIVATION | 0 | -2.868266 |
| GO_REGULATION_OF_B_CELL_ACTIVATION | 0 | -2.868105 |
| GO_IMMUNOGLOBULIN_PRODUCTION | 0 | -2.836733 |
| GO_T_CELL_ACTIVATION | 0 | -2.825860 |