Anàlisi de la cohort de HNSC utilitzant informació de MCN

Preparació de les dades per a l’anàlisi

El fitxer de dades amb informació de l’estat WGD (Bielski) conté 402 casos de la cohort de HNSC.

Tenim 546 fitxers de recomptes de la cohort de HNSC.

L’anàlisi inclourà 389 mostres, 253 mostres sense WGD i 136 mostres amb WGD. Un 35% de les mostres de l’anàlisi han patit WGD.

La mida de les llibreries varia entre 3.082429810^{7} i 1.442006410^{8} i la mida mitjana és de 8.152523210^{7}.

Pre-processament de les dades

Per a la filtració s’ha utilitzat un llindar de CPM de 0.13 i s’han filtrat 39311 gens, és a dir un 65% dels gens que teníem inicialment.

El rang de valors dels factors de normalització és de 0.4725692, 1.4048991.

Exploració de les dades

Gràfics de densitat

Gràfic d’escalat multidimensional

Heatmap del gens més variables

Matriu de distàncies dels logCPM dels gens més variables. En aquest cas extraiem els 500 gens més variables a partir de les dades filtrades i normalitzades.

Resultats de l’anàlisi d’expressió diferencial

Nombre de gens diferencialment expressats

Contrastos amb p-valor ajustat (FDR) inferior a 0.05:

##        WGDvsNoWGD
## Down         1224
## NotSig      18622
## Up           1326

Contrastos amb p-valor sense ajustar inferior a 0.05 i valor absolut de log2-fold-change superior a 0.5 , aproximadament equivalent a un fold-change de 0.7 i 1.4:

##        WGDvsNoWGD
## Down          590
## NotSig      19846
## Up            736

Llista de gens ordenats per significació

##       ensembl_gene_id hgnc_symbol      logFC      P.Value    adj.P.Val
## 13256 ENSG00000183323     CCDC125 -0.5253811 5.029641e-12 1.064876e-07
## 10241 ENSG00000164638     SLC29A4  1.0136056 8.149398e-10 4.014715e-06
## 15394 ENSG00000206195      DUXAP8  1.3450020 5.882319e-10 4.014715e-06
## 16739 ENSG00000229417     NPM1P25 -0.8393145 9.481189e-10 4.014715e-06
## 18288 ENSG00000249550   LINC01234  2.1188210 9.055910e-10 4.014715e-06
## 13150 ENSG00000182636         NDN  0.9416446 2.028125e-09 6.134208e-06
## 18881 ENSG00000257636    G2E3-AS1  2.0234143 1.857981e-09 6.134208e-06
## 13075 ENSG00000182179        UBA7 -0.6890709 2.751290e-09 7.019360e-06
## 16506 ENSG00000227191       TRGC2 -1.2155436 2.983858e-09 7.019360e-06
## 12314 ENSG00000176083      ZNF683 -1.3915893 3.419972e-09 7.240764e-06
## 3904  ENSG00000113597    TRAPPC13 -0.2916360 3.970384e-09 7.641906e-06
## 17006 ENSG00000232000     CLCN3P1  1.2911788 1.323587e-08 2.335248e-05
## 16876 ENSG00000230750     SDAD1P2  1.4621845 1.576795e-08 2.567993e-05
## 3825  ENSG00000112852      PCDHB2  1.2165100 1.706045e-08 2.580027e-05
## 8882  ENSG00000155085         AK9 -0.4717707 1.861236e-08 2.627073e-05
## 12439 ENSG00000177042      TMEM80 -0.4176287 1.987233e-08 2.629606e-05
## 1796  ENSG00000090932        DLL3  1.1212881 2.424780e-08 3.019849e-05
## 8152  ENSG00000147475      ERLIN2  0.4173215 2.997166e-08 3.525333e-05
## 1918  ENSG00000095585        BLNK -0.8154303 3.667080e-08 3.881971e-05
## 6615  ENSG00000136240      KDELR2  0.2979654 3.565173e-08 3.881971e-05

Representació gràfica dels resultats

Gràfic mitjana-diferència

Gràfic de volcà

Heatmap dels gens més significatius

100 gens amb p-valor ajustat més baix:

100 gens amb p-valor ajustat més baix després d’haver filtrat per aquells gens amb un logFC en valor absolut superior a 0.5 (aproximadament equivalent a FC superior a 1.4 o inferior a 0.7):

Resultats de l’anàlisi d’enriquiment amb permutació de gene sets

Termes enriquits al grup WGD
NAME	FDR.q.val	NES
GO_SYNAPTIC_VESICLE_CLUSTERING	0.0019280	2.284519
GO_EMBRYONIC_APPENDAGE_MORPHOGENESIS	0.0009640	2.274901
GO_PROXIMAL_DISTAL_PATTERN_FORMATION	0.0006427	2.266749
GO_SYNAPSE_ASSEMBLY	0.0004820	2.262759
GO_EMBRYONIC_FORELIMB_MORPHOGENESIS	0.0003856	2.260237
GO_EMBRYONIC_SKELETAL_SYSTEM_DEVELOPMENT	0.0004779	2.253319
GO_FORELIMB_MORPHOGENESIS	0.0004096	2.240518
GO_EMBRYONIC_SKELETAL_SYSTEM_MORPHOGENESIS	0.0008265	2.212378
GO_APPENDAGE_MORPHOGENESIS	0.0020952	2.177325
GO_APPENDAGE_DEVELOPMENT	0.0021668	2.165694
GO_DORSAL_VENTRAL_PATTERN_FORMATION	0.0021430	2.158791
GO_REGIONALIZATION	0.0047989	2.101821
GO_CARTILAGE_MORPHOGENESIS	0.0054514	2.088570
GO_ANTERIOR_POSTERIOR_PATTERN_SPECIFICATION	0.0062848	2.078621
GO_PATTERN_SPECIFICATION_PROCESS	0.0059286	2.077794
GO_ROOF_OF_MOUTH_DEVELOPMENT	0.0093350	2.045646
GO_REGULATION_OF_SYNAPSE_ASSEMBLY	0.0095096	2.042018
GO_POSTSYNAPSE_ASSEMBLY	0.0129729	2.016251
GO_TRANSMISSION_OF_NERVE_IMPULSE	0.0165738	1.988379
GO_CARTILAGE_DEVELOPMENT	0.0159334	1.987281

Termes enriquits al grup no_WGD
NAME	FDR.q.val	NES
GO_LYMPHOCYTE_MEDIATED_IMMUNITY	0	-3.251124
GO_ANTIGEN_RECEPTOR_MEDIATED_SIGNALING_PATHWAY	0	-3.197432
GO_B_CELL_MEDIATED_IMMUNITY	0	-3.158687
GO_HUMORAL_IMMUNE_RESPONSE_MEDIATED_BY_CIRCULATING_IMMUNOGLOBULIN	0	-3.140970
GO_ADAPTIVE_IMMUNE_RESPONSE_BASED_ON_SOMATIC_RECOMBINATION_OF_IMMUNE_RECEPTORS_BUILT_FROM_IMMUNOGLOBULIN_SUPERFAMILY_DOMAINS	0	-3.117887
GO_IMMUNE_RESPONSE_REGULATING_CELL_SURFACE_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY	0	-3.117341
GO_T_CELL_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY	0	-3.089577
GO_COMPLEMENT_ACTIVATION	0	-3.086801
GO_REGULATION_OF_HUMORAL_IMMUNE_RESPONSE	0	-3.028322
GO_REGULATION_OF_IMMUNE_EFFECTOR_PROCESS	0	-3.023693
GO_INTERFERON_GAMMA_MEDIATED_SIGNALING_PATHWAY	0	-2.959079
GO_B_CELL_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY	0	-2.952478
GO_RESPONSE_TO_INTERFERON_GAMMA	0	-2.902144
GO_NATURAL_KILLER_CELL_MEDIATED_IMMUNITY	0	-2.899062
GO_PRODUCTION_OF_MOLECULAR_MEDIATOR_OF_IMMUNE_RESPONSE	0	-2.891509
GO_REGULATION_OF_LYMPHOCYTE_ACTIVATION	0	-2.871734
GO_ALPHA_BETA_T_CELL_ACTIVATION	0	-2.868266
GO_REGULATION_OF_B_CELL_ACTIVATION	0	-2.868105
GO_IMMUNOGLOBULIN_PRODUCTION	0	-2.836733
GO_T_CELL_ACTIVATION	0	-2.825860